Một loại virus có tên là Motaba gây cơn sốt chết người, được phát hiện tại một khu rừng châu Phi vào năm 1967. Để giữ kín bí mật về loại vi rút này, hai sĩ quan quân đội Mỹ Donald McClintock và William Ford đã thả bom phá hủy các trại quân đội, nơi binh sĩ đang bị nhiễm bệnh.

Năm 1995, virus này lại bùng phát ở Zaire. Đại tá Sam Daniels, một nhà virus học tại USAMRIID, được cử đến điều tra. Ông và phi hành đoàn của mình-Trung tá Casey Schuler và người mới Salt, tiến hành thu thập thông tin và trở về Hoa Kỳ. Daniels đề nghị cấp trên của mình (bây giờ) Chuẩn tướng William Ford, ban hành một cảnh báo, nhưng Ford cho rằng virus này không thể lây lan.

Betsy, loài khỉ mũ đầu trắng (vật chủ truyền virus) được nhập lậu vào Hoa Kỳ. Khi James "Jimbo" Scott, một nhân viên của sở thu giữ và kiểm dịch động vật, đánh cắp Betsy và đưa nó đến Cedar Creek, California để bán trên chợ đen, anh ta bị nhiễm bệnh. Jimbo thất bại trong việc bán Betsy cho Rudy Alvarez, một chủ tiệm cửa hàng thú nuôi, người cũng bị nhiễm virus, nên thả chú vào rừng. Anh ta đã xuất hiện các triệu chứng trên chuyến bay tới Boston và lây nhiễm cho bạn gái của mình, Alice. Họ phải nhập viện, và Tiến sĩ Roberta Keough, một nhà khoa học của CDC - vợ cũ của Daniels là người nghiên cứu bệnh tình của họ. Jimbo, Alice, và Rudy chết, nhưng Keough xác định rằng không có một ai khác ở Boston bị nhiễm bệnh.

Kỹ thuật viên tại bệnh viện Cedar Creek, trong đó có Henry, vô tình làm vỡ lọ chứa mẫu máu của Rudy, Henry bị nhiễm virus. Virus biến đổi thành một chủng có khả năng lây lan như cúm, một số người đã tiếp xúc. Daniels biết về sự lây nhiễm, ông liền bay đến Cedar Creek làm trái mệnh lệnh của Ford, gia nhập đội ngũ Keough với Schuler và Salt. Khi họ bắt đầu tìm kiếm các vật chủ, quân đội Mỹ cách ly thị trấn và áp đặt thiết quân luật. Schuler bị nhiễm khi làm rách bộ đồ, và vô tình gậy mình làm cây kim bị nhiễm lây qua Keough. Ford cung cấp huyết thanh thử nghiệm để điều trị bệnh (mà không thành công vì các đột biến), và Daniels nhận ra rằng ông đã biết về virus trước trước khi dịch bùng nỗ. Ông đối đầu với Ford, người đã thừa nhận rằng ông che giấu thông tin vì những nguy cơ mà Motaba được sử dụng như một tác nhân sinh học.

Daniels nghe tin về kế hoạch Clean Sweep (Quét sạch) - cho quân đội thả bom xuống Cedar Creek đã được sự chấp thuận của Tổng thống; bây giờ Thiếu tướng Donald McClintock tiến hành kế hoạch này nhằm che giấu sự tồn tại của virus. Để ngăn chặn Daniels tìm kiếm cách chữa bệnh, McClintock đã ra lệnh bắt Daniels với lý do áp đặt Daniels đang mang vi rút. Nhưng Daniels đã trốn thoát được. Ông cùng với Salt bay trực thăng đến tàu chứa Betsy. Daniels có được hình ảnh của Betsy và đưa lên truyền hình; Bà Jeffries nhận ra rằng con gái của mình là Kate đã chơi với Betsy trong sân của họ và gọi đến đài. Daniels và Salt đến ngôi nhà của 'Jeffries. Salt bắn thuốc mê Betsy sau khi Kate dụ dỗ Betsy ra khỏi chỗ trốn. Khi biết Daniels đã bắt được Betsy, Ford trì hoãn vụ đánh bom.

Trên chuyến bay trở về, Daniels và Salt bị máy bay trực thăng của McClintock truy đuổi. Nhanh trí, Salt bắn hai quả rocket xuống rừng cây để lừa McClintock rằng họ đã bị rơi. Về Cedar Creek, Salt trộn kháng thể của Betsy với huyết thanh lấy từ Ford để tạo ra một huyết thanh miễn dịch; mặc dù Schuler đã chết, nhưng họ đã giữ được Keough. McClintock trở về căn cứ và lại tiếp tục với kế hoạch thả bom của mình, từ chối lời khuyên của Ford (người muốn hủy kế hoạch).

Daniels và Salt bay trên một máy bay trực thăng vào đường đi của máy bay ném bom được chỉ huy bởi một phi công có mật danh là Sandman One. Với sự giúp đỡ của Ford, Daniels thuyết phục Sandman One và người phụ lái để kích nổ quả bom trên mặt nước và tha cho thị trấn. Trước khi McClintock có thể sắp xếp một vụ đánh bom khác, Ford bãi bỏ quyền chỉ huy và bắt giữ ông vì lý do giấu thông tin từ tổng thống. Daniels và Keough hòa giải, và cư dân Cedar Creek được chữa khỏi bệnh.